兵部尚书汪道昆则提出以团营之制来训练班操京军，但是内阁坚决反对，因为团营之制，已经在世宗皇帝在位时予以废除了，就不必再提了。

李庭竹、马芳、俞大猷则认为，京操班军既然是以地域而来，由于他们返回地方仍然是要在地方承担镇守重任的，所以就不必像三大营时期打散训练，而是以地域理清指挥关系后予以训练，这点得到了朱载坖的认同，首先就是要理清编制和指挥体系。

大明原有的卫所制度已经不再适用于战争了，所以必须重新进行编制调整，马芳等人都认为采用现在九边军镇中的营一总一哨一队一什一伍的编制方法比较合理，一营以五千人为准，由参将或游击统帅，营下设总，由千户统帅，依次类推。

这样的话，班操一万人，正好是两营，五千就正好是一营，不过骑兵三千为一营就可以了。而在训练的时候，由五军都督府和兵部提请相关的军官予以负责训练，至于如果要调动京营或者班操京军作战，则需要临时命将，统帅官军出征，说白了就是统军不专于一人，练军不专于一人，行军不专于一人，大明基操了。

朱载坖同意了这个办法，命令首先两班操京军编制起来，至于班操京军的军官，兵部会同五军都督府、京营戎政府和协办军务大臣等予以考核，要材勇兼备的，可以留用，不堪用者当即罢去职务，从国子武学或者调用武进士充任班操京军的军官，以加强朝廷对于班操京军的控制。

朱载坖随后发布上谕，以总理京营戎政临淮侯李庭竹负责班操京军的训练，协办军务大臣马芳、俞大猷、李成梁等人具体拟定相关的训练章程。

俞大猷向朱载坖上疏，认为首先要做的就是整顿军纪，这些班操京军，平素没有军纪军法约束，骤然训练，但恐哗变，所以首先要严肃军纪，使其知道军法之威，然后才能开始训练。

再加上他们长途跋涉，需要修整之后才能够进行训练，朱载坖准允了俞大猷的奏请，放权给俞大猷等人，还命令卫尉寺卿赵锦巡视京操班军，重申军纪军法，要这些军士们遵守军纪军法。

但是很明显，赵锦的说教成效不大，这些班操军士很快就开始搞事情了，他们长途跋涉而来，本来是在修整，准备参加训练，朱载坖也命令京通仓照京营、亲军诸卫的给养标准供给后勤，是希望他们吃好一点努力操练，但是有些人吃饱了就开始作奸犯科了。

最开始就是辽东大宁和宣大山西等班操军士，因为他们胆子最大，以精锐自诩，平素有点什么小过失，长官也不跟他们计较，随后各部的班操军士都出现了不同程度的干犯军法的情况，以顺宁侯俞大猷、萝川侯马芳、哈密伯李成梁为首，具本朱载坖，请求严肃军纪，以儆效尤。